O anime e mangá D.Gray-man conta com um elenco diversificado de personagens criados por Katsura Hoshino. A série se passa em uma terra fictícia no final do século XIX onde os membros da Ordem Negra estão em guerra contra o Conde do Milênio, que pretende destruir a humanidade com seu exército de Akuma, armas criadas a partir das almas dos falecidos quando seus entes queridos amaldiçoam Deus pela sua perda. Para ajudar nos seus esforços, a Ordem Negra percorre o mundo procurando as 109 partes de uma substância divina chamada Inocência, que foi lavada durante o Grande Dilúvio, e as pessoas que podem usar armas anti-akuma a partir da inocência. Essas pessoas, chamados Exorcistas, são capazes de combater e destruir os akumas. Uma Inocência, referido como o "Grande Coração" garante a sua vitória nesta guerra. No entanto, o Conde do Milênio também está procurando a inocência chamada de Coração com a intenção de destruí-la.                  O personagem principal da série é Allen Walker, um jovem exorcista que entrou recentemente à Ordem Negra depois do treinamento com seu mestre General Cross Marian. Ao apresentar-se à organização, ele é confundido com um inimigo e é atacado por um outro exorcista, Kanda Yu. No entanto, uma vez que o erro é percebido, Lenalee Lee impede Kanda de causar mais acidentes. Uma vez dentro do quartel, Allen descobre que ele é a pessoa da profecia o "Destruidor do Tempo", que é o único que pode derrotar o Conde do Milênio. Como a série progride, Allen reúne muitos dos membros da sede da Ordem Negra, bem como aqueles em outros ramos em todo o mundo. Ele finalmente encontra um jovem aspirante a bookman chamado Lavi e seu antecessor, Bookman, que seguem Allen em suas aventuras para testemunhar e registrar os eventos. Allen também se encontra com o antagonista, o Conde do Milênio, o seu exército akuma, e a família de Noé (Noah), um grupo de humanos que ajuda o Conde do Milênio em seu plano para destruir a humanidade.